Sắp xếp thẳng hàng trình tự (tiếng Anh là sequence alignment) là phương pháp sắp xếp hai hoặc nhiều trình tự nhằm đạt được sự giống nhau tối đa. Các trình tự này có thể được xen bằng các khoảng trống (thường được diễn tả bằng các gạch nối ngang) tại các vị trí có thể để làm sao tạo thành các cột giống nhau (identical) hoặc tương tự nhau (similar).
tcctctgcctctgccatcat---caaccccaaagt
|||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||
tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt
Phương pháp này thường được dùng để nghiên cứu sự tiến hóa của các trình tự từ một tổ tiên chung, đặc biệt là các trình tự sinh học như trình tự protein hoặc trình tự DNA. Các bắt cặp không đúng trong trình tự tương ứng với các đột biến và các khoảng trống tương ứng với phần thêm vào hoặc xóa đi. Cũng có thể sử dụng sắp xếp thẳng hàng trình tự để nghiên cứu nhiều vấn đề khác như sự tiến hóa ngôn ngữ và độ tương đồng trong các văn bản.
Thuật ngữ "sắp xếp thẳng hàng trình tự" cũng chỉ quá trình tạo ra sự sắp xếp này hay tìm ra các cách sắp xếp tốt nhất trong cơ sở dữ liệu gồm các trình tự riêng biệt.
Sắp gióng cột đôi một (Pairwise alignment)
Sắp gióng cột đôi một là phương pháp phục vụ cho việc tìm kiếm một trình tự sắp gióng cột toàn bộ hay (cục bộ) mà trùng khớp nhất của các chuỗi protein (amino acid) hay DNA (nucleic acid).
Thông thường, mục đích của nó là tìm ra (mối quan hệ) đồng đẳng của một gene hay một sản phẩm-gên trong một cơ sở dữ liệu các thông tin mẫu đã có sẵn. Thông tin này là hữu ích để trả lời một loạt các câu hỏi sinh học khác nhau. Ứng dụng quan trọng nhất của sắp gióng cột đôi một là để xác định các chuỗi có cấu trúc hay chức năng chưa biết. Một ứng dụng quan trọng khác là trong việc nghiên cứu tiến hóa phân tử.
Sắp gióng cột toàn bộ (Global alignment)
Sắp gióng cột toàn bộ giữa hai trình tự là một phương pháp trong đó toàn bộ ký tự trên hai trình tự tham gia vào quá trình sắp xếp. Phương pháp này thường được áp dụng để tìm các trình tự tương cận gần. Khi các trình tự này cũng dễ dàng xác định bằng phương pháp sắp gióng cột cục bộ, các phương pháp sắp gióng cột toàn bộ không được xem như một kỹ thuật. Hơn nữa, có một số mô hình tiến hóa phân tử như xáo trộn miền (domain shuffling) làm trở ngại tính ững dụng của các phương pháp này.
Sắp gióng cột cục bộ (Local alignment)
Sắp gióng cột cục bộ là phương pháp nhằm tìm kiếm các vùng có quan hệ bên trong các chuỗi - hay nói cách khác là chúng có chứa một tập con các ký tự (tạo bởi A, T, X, G) bên trong chuỗi. Ví dụ, vị trí 20-40 của chuỗi A có thể được sắp gióng cột với vị trí 50-70 của chuỗi B.
Đây là kĩ thuật linh hoạt hơn sắp trình từ toàn bộ và có thuận lợi là các vùng liên quan xuất hiện ở các trật tự khác nhau ở hai protein (hay còn biết tới với tên là xáo trộn miền) có thể được xác định. Điều này là không thể đạt được với phương pháp sắp gióng cột toàn bộ.
Tính chính xác của sắp gióng cột
Nơi thông thường xảy ra việc sắp xếp trình tự là ở cơ chế của sự tiến hóa phân tử. DNA mang các nguyên liệu di truyền từ thế hệ này sang thế hệ khác, bằng cơ chế tự phân đôi bán bảo toàn của nó. Các thay đổi trong nguyên liệu đó là do các sai sót hay đột biến trong quá trình phân đôi, hoặc do virut và các cơ chế khác đôi khi dịch chuyển các chuỗi con bên trong nhiễm sắc thể và giữa các cá thể độc lập nhau. Kết quả là, một sắp xếp giữa các chuỗi cho thấy rằng chuỗi đó xuất phát từ cùng một tổ tiên chung thì chứa các chuỗi con trùng nhau. Trong trường hợp chuỗi di truyền, nó nhấn mạnh rằng chúng cùng mang thông tin của cùng một tổ tiên chung.
Xem xét nơi xảy ra để biết xác suất xảy ra của các sự kiện này, chúng ta có thể ước lượng thời gian khi một chuỗi đi trệch ra khỏi tổ tiên chung hay thời gian cần thiết để một chuỗi có thể trở thành một chuỗi mới hoàn toàn. Tuy nhiên, vẫn có sự bất đồng về giá trị và ứng dụng tự nhiên của các xác suất đối với sự tiến hóa sinh học. Một hướng suy nghĩ cho rằng chỉ có thể xảy ra các thay đổi đơn giản, với tỉ lệ cố định (ứng dụng của Occam's Razor) trong khi một hướng khác cho rằng chỉ cần giai đoạn tiến hóa ngắn khi có các thay đổi cực kì lớn.
Sắp gióng cột cấu trúc (Structural alignment)
Sắp gióng cột nhiều trình tự (Multiple alignment)
Các giải thuật
Phần mềm
👁️
18 | ⌚2025-09-03 20:58:28.584
Mua hàng tại Shopee giảm thêm 30%

**Sắp xếp thẳng hàng trình tự** (tiếng Anh là sequence alignment) là phương pháp sắp xếp hai hoặc nhiều trình tự nhằm đạt được sự giống nhau tối đa. Các trình tự này có thể
Trong toán học, bất phương trình được định nghĩa thông qua khái niệm hàm mệnh đề (mệnh đề chứa biến). Bài này trình bày một cách đơn giản nhất về các bất phương trình. ##
nhỏ|Một [[thụ thể giảm đau|thụ thể giảm đau μ bắt cặp với G protein với chất kích thích của nó.]] nhỏ|Một cấu trúc với bảy đoạn xoắn ốc α nằm trong lớp màng tế bào
Trong nhiệt động lực học, một **quá trình tự phát** là một quá trình xảy ra mà không cần tới vật chất hay năng lượng điện cấp vào hệ. Một quá trình tự phát trong
nhỏ|phải|[[Tháp Chủ Thể ở Bắc Triều Tiên với hình ảnh công nhân (cầm búa), nông dân (cầm liềm) và trí thức tiểu tư sản (cầm bút) là ba lực lượng chủ thể của cách mạng
Hành Trinh Tử Thần - Ghi Chép Từ Nước Anh “Hành trình tử thần – Ghi chép từ nước Anh” khởi đầu từ một cuộc điều tra liên quốc gia, xuyên biên giới về tấn
Hành trình tử thần – Ghi chép từ nước Anh, dựng lại chi tiết, cụ thể, với những bằng chứng xác đáng về con đường thống khổ, có lúc hiểm nguy, có lúc tủi nhục
**Đại Kim tự tháp Giza** là Kim tự tháp Ai Cập lớn nhất và là lăng mộ của Vương triều thứ Tư của pha-ra-ông Khufu. Được xây dựng vào đầu thế kỷ 26 trước Công
Trong di truyền học, **trình tự tắt** hay **silencer** là một trình tự DNA có khả năng gắn với các yếu tố điều chỉnh phiên mã, được gọi là chất ức chế. DNA chứa gen
**Trình tự Shine–Dalgarno** (**SD**) là một vị trí gắn kết ribosome trong RNA thông tin ở vi sinh vật cổ và vi khuẩn, thường nằm xung quanh 8 base ở ngược dòng so với AUG
GRUPO CLARÍN – Hành trình từ báo xã luận đến ông trùm truyền thông Argentina là cuốn sách đầy tham vọng, cung cấp cái nhìn sâu sắc vào Grupo Clarín, một trong những tập đoàn
ĐẦU TƯ THÔNG MINH Để thành công trong thế giới biến động Quyển sách cho thấy hành trình tự chuẩn bị của 50 bậc thầy trong ngành tài chính, cách họ kiếm lợi nhuận qua
Bộ giáo trình lý luận chính trị gồm 5 cuốn dành cho bậc đại học hệ không chuyên lý luận chính trị. Bộ sách là tài liệu giảng dạy, học tập cho giảng viên, sinh
Bộ giáo trình lý luận chính trị gồm 5 cuốn dành cho bậc đại học hệ không chuyên lý luận chính trị. Bộ sách là tài liệu giảng dạy, học tập cho giảng viên, sinh
Takenote - Từ Vựng HSK Tiếng Trung - HSK1 (Cung Cấp 500 Từ Vựng) Takenote: Từ vựng HSK1 Tiếng Trung là cuốn sách học từ vựng được biên soạn theo chuẩn khung trình độ tiếng
liên_kết=https://en.wikipedia.org/wiki/File:Gene_enhancer.svg|nhỏ|262x262px Trong di truyền học, **trình tự tăng cường** hay **enhancer** là một đoạn DNA ngắn (50–1500 bp) có thể được gắn với các protein (các chất hoạt hóa) giúp làm tăng khả năng phiên
Bộ giáo trình lý luận chính trị gồm 5 cuốn dành cho bậc đại học hệ không chuyên lý luận chính trị. Bộ sách là tài liệu giảng dạy, học tập cho giảng viên, sinh
Takenote - Từ Vựng IELTS - Cung Cấp 3000 Từ Vựng Theo Chủ Đề - Band 5.5 - Tập 2 Takenote IELTS 3000 Từ vựng theo chủ đề - Tập 1 (Band 5.5) là cuốn
Takenote - Từ Vựng IELTS - Cung Cấp 3000 Từ Vựng Theo Chủ Đề - Band 5.5 - Tập 1 Takenote IELTS 3000 Từ vựng theo chủ đề - Tập 1 (Band 5.5) là cuốn
IELTS Writing & Speaking Journey: From Basics to Band 6.0, Elevate to Band 8.0, and Speak Your Way to Band 6.0 - Lộ Trình Tự Học IELTS Toàn Diện 1. IELTS Writing Journey: From
Bộ Sách Mentor + IELTS Speaking Journey Lộ trình tự học IELTS Speaking từ cơ bản đến band 6.0 Thông tin sách - Mentor: Từ Sinh Viên Chất Đến Nhân Sự Chiến Tác giả: Lê
Giáo Trình Hán Ngữ - Tập 6 Là giáo trình biên soạn cho học viên người nước ngoài học Hán ngữ cấp tốc từ cơ bản đến nâng cao, chú trọng luyện tập kỹ năng
Giáo Trình Hán Ngữ - Tập 8 Là giáo trình biên soạn cho học viên người nước ngoài học Hán ngữ cấp tốc từ cơ bản đến nâng cao, chú trọng luyện tập kỹ năng
Bộ Tiêu Chuẩn Phân Cấp Trình Độ Giáo Dục Trung Văn Quốc Tế - Giáo Trình Luyện Và Nhớ Nhanh Từ Vựng - Cấp Độ 6 Cuốn sách Tiêu Chuẩn Các Cấp Độ Tiếng Trung
Bộ giáo trình lý luận chính trị gồm 5 cuốn dành cho bậc đại học hệ không chuyên lý luận chính trị. Bộ sách là tài liệu giảng dạy, học tập cho giảng viên, sinh
VIÊN NGẬM TRẮNG DA CAO CẤP GLUTATHIONE TỪ ITALY 1️⃣ Tên quốc tế: GLUTATHIONE 100mg SUBLINGUAL TABLETS 2️⃣ Các quốc gia đã nhập khẩu: Singapore, Thailand, Trung Quốc, Philippine, Azerbaijan với tên gọi OXITION và
Luật Điện Lực – Quy Định Về Thủ Tục Cấp, Thu Hồi Giấy Phép Hoạt Động Điện Lực, Xây Dựng Khung Giá Phát Điện, Thị Trường Phát Điện Cạnh Tranh, Trình Tự Kiểm Tra Hợp
IELTS Speaking Journey – Speak Your Way to Band 6.0 Chinh phục band 6.0 IELTS Speaking với phương pháp IDEO và lộ trình tự học toàn diện - Lộ trình tự học IELTS Speaking chinh
IELTS Speaking Journey – Speak Your Way to Band 6.0 Chinh phục band 6.0 IELTS Speaking với phương pháp IDEO và lộ trình tự học toàn diện - Lộ trình tự học IELTS Speaking chinh
IELTS Speaking Journey – Speak Your Way to Band 6.0 Chinh phục band 6.0 IELTS Speaking với phương pháp IDEO và lộ trình tự học toàn diện Lộ trình tự học IELTS Speaking chinh phục
Takenote - Từ Vựng HSK Tiếng Trung - HSK2 (Cung Cấp 772 Từ Vựng) Takenote: Từ vựng HSK2 Tiếng Trung là cuốn sách học từ vựng được biên soạn theo chuẩn khung trình độ tiếng
Zero To Hero - Tự Học Tiếng Hàn Cấp Tốc Từ Số 0 Nhu cầu học tiếng Hàn vì đam mê văn hóa hay tìm kiếm cơ hội du học, lao động đang ngày càng
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Phân định trách nhiệm của thương nhân, tổ chức cung ứng dịch vụ logistics về cung cấp chứng từ hàng hóa trong quá trình giao nhận.- Bảo đảm vận chuyển tài sản đầy đủ, an
Zero To Hero Tự Học Tiếng Hàn Cấp Tốc Từ Số 0 là cuốn sách giúp bạn thành thạo giao tiếp tiếng Hàn cực kì nhanh chóng. Nội dung cuốn sách: -Cuốn sách Zero To
Sách - Zero To Hero Tự Học Tiếng Hàn Cấp Tốc Từ Số 0 Bạn yêu thích văn hóa Hàn Quốc và muốn tự tin giao tiếp tiếng Hàn? Hay đang ấp ủ kế hoạch
Thông số kỹ thuật - Điện áp: 220 (V)/ 50Hz - Công suất: 2000W - Trọng lượng tịnh: 2,3 Kg - Kích thước sản phẩm: 350 x 300 x 53 mm - Chính sách bảo
Giới thiệu sách mới phát hành Quý III/2018: LUẬT QUẢN LÝ SỬ DỤNG TÀI SẢN CÔNG – QUY ĐỊNH TRÌNH TỰ, THỦ TỤC XÁC LẬP QUYỀN SỞ HỮU VÀ XỬ LÝ ĐỐI VỚI TÀI SẢN
Hành trình tử thần ghi chép từ nước Anh Hành trình tử thần – Ghi chép từ nước Anh, dựng lại chi tiết, cụ thể, với những bằng chứng xác đáng về con đường thống
Tự Học Tarot - Hành Trình Từ Chàng Khờ Đến Tận Cùng Thế Giới Tarot là những lá bài kể chuyện. Mỗi lá bài truyền cho chúng ta một sức mạnh để thay đổi câu
Đặc tính nổi bật của bếp từ Bếp từ Klarstein Delicatessa - Bếp từ Klarstein Delicatessa có ba bề mặt nấu ăn cho thực phẩm với tổng công suất lên đến 5800W, được phân bổ
**C** là một ngôn ngữ mệnh lệnh được phát triển từ đầu thập niên 1970 bởi Dennis Ritchie để dùng trong hệ điều hành UNIX. Từ đó, ngôn ngữ này đã lan rộng ra nhiều
**Trịnh Tùng** (chữ Hán: 鄭松, 19 tháng 12 năm 1550 – 17 tháng 7 năm 1623), thụy hiệu **Thành Tổ Triết Vương** (成祖哲王), là vị chúa chính thức đầu tiên của dòng họ Trịnh dưới
**Pascal** là một ngôn ngữ lập trình cho máy tính thuộc dạng mệnh lệnh và thủ tục, được Niklaus Wirth phát triển vào năm 1970. Pascal là ngôn ngữ lập trình đặc biệt thích hợp
phải|nhỏ|402x402px|[[Mã nguồn của một chương trình máy tính đơn giản được viết bằng ngôn ngữ lập trình C. Khi được biên dịch và chạy, nó sẽ cho kết quả "Hello, world!".]] **Ngôn ngữ lập trình**
**Ai Cập** ( , , ), tên chính thức là nước **Cộng hòa Ả Rập Ai Cập**, là một quốc gia liên lục địa có phần lớn lãnh thổ nằm tại Bắc Phi, cùng với